ปราสาทมารุโอกะ ถูกสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1576 (สมัยเท็นโช 4) โดยชิบาตะคัทสึโตโมะ ซึ่งเป็นหลานชายของชิบาตะคัทสึอิเอะ เป็นหนึ่งในปราสาทที่สร้างขึ้นในยุคสงครามเซนโกคุ และมีบทบาทสำคัญในการป้องกันดินแดนในจังหวัดเอจิเนนในขณะนั้น • หลังจากนั้น เจ้าของปราสาทได้เปลี่ยนแปลงไปเรื่อยๆ ในยุคเอโดะ ตระกูลฮอนดะได้เข้ามาควบคุม โดยเฉพาะฮอนดะนาริชิเงะ ที่ได้พัฒนาเมืองรอบปราสาท ทำให้มีส่วนสำคัญต่อการพัฒนาของภูมิภาคนี้อย่างมาก