Имя храма Нигатодō происходит от того, что в этом зале в старом лунном календаре в феврале проводится ритуал Шуниэ. Считается, что основателем является Великий монах Рёбэн и его ученик Дзиттю. Во время Шуниэ в 7 году Кадан (1667) в здании произошел пожар, и храм был уничтожен. Современное здание было восстановлено через два года после этого. Первоначальный храм, похоже, имел небольшие размеры, и с течением времени он, вероятно, постепенно расширялся в соответствии с ритуальными требованиями Шуниэ.