Le temple Enkyoji a été fondé en 966 par le maître Seikū. Ce dernier, moine du bouddhisme Tendai ayant effectué sa formation au temple Hiei, a établi Enkyoji et l'a positionné comme un important lieu de pratique en parallèle avec le mont Hiei. À partir de l'époque de Heian, avec l'influence croissante du Tendai, la taille du temple s'est également développée, attirant de nombreux visiteurs et moines en quête de formation.